Počátky kostela minoritského kostela v Jihlavě jsou spojeny s příchodem minoritů do nově vznikajícího města. Ačkoliv písemné prameny neuvádějí přesné datum, bylo to zřejmě v samotných počátcích urbanistického rozvržení města, tedy ve čtyřicátých letech 13. století. Místo pro založení kláštera bylo vybráno na západní straně města v těsné blízkosti hradeb u městské brány vedoucí na Pelhřimov, tedy na jedné z nejživějších ulic. Zajímavé je, že kněžiště kostela nesměřuje na východ, jak bylo obvyklé, ale jižním směrem, tedy k rodnému městu zakladatele řádu sv. Františka z Assisi. Na místě jistě vznikly provizorní dřevěné stavby, které postupně nahrazovala kamenná architektura. Jako první byl budován kostel, jehož kněžiště bylo nejspíše vysvěceno kolem roku 1260. Zda byla v té době hotova i zbývající část stavby, tedy trojlodí, se můžeme pouze dohadovat. I když stavební sloh kostela působí poměrně jednotně a svědčí tak o jedné stavební fázi, z finančních důvodů mohl být stavěn delší dobu.
Celkový charakter stavby poukazuje k asketické prostotě řádu bez snahy o okázalost. Zaměření ke skromnosti a jednoduchosti představuje u architektury žebravých řádů její obecný rys. Kostely takových řádů původně neměly mít klenutí ani věže, příčná loď se často vypouštěla. Tato pravidla se ne vždy dodržovala, o čemž svědčí i kostel v Jihlavě, který je plně zaklenut a má i příčnou loď. Naopak původní podoba kněžiště, které mělo rovné zakončení, i konzervativní charakter stavby řádovým tendencím odpovídaly. Způsob provádění kostela má blízko k románskému cítění, pro které je charakteristická masivnost zdí i rozčlenění vnitřního prostoru. Zadavatel stavby tedy nejspíše ve shodě s řádovými požadavky přizval stavitele tradičního zaměření. Jihlavská stavba bývá kladena do souvislosti s minoritským kostelem v dolnorakouském Steinu, který vznikal přibližně ve stejné době.
Kostel se skládá z kněžiště a trojlodí. Obě tyto části od sebe odděluje příčná loď, vymezená mohutnými oblouky na pilířích a separující kdysi řeholníky od veřejnosti. Bazilikální trojlodí i kněžiště mají délku tří klenebních polí. Hmota pilířů v interiéru i hmota obvodových stěn je na první pohled velmi robustní. V osách bočních stěn jednotlivých polí byla vysoká gotická okna s hrotitým záklenkem. Zaklenutí hlavní lodi trojlodí je shodné s žebrovou klenbou kněžiště i příčné lodi. Boční lodi mají prosté křížové klenby bez žeber. Severní průčelí původně stálo v místech, kde je nyní zeď barokní kruchty. Před hlavní fasádu byla na severní straně směrem do ulice přistavěna vstupní předsíň.
Bohaté 14. století bylo i pro jihlavské minority dobou budování a růstu. Stavební podoba kostela (i konventu) byla ve své hrubé podobě už pravděpodobně hotova, a tak se mohly soustředit prostředky na jeho výzdobu. Z kdysi bohaté malířské výzdoby chrámu se do dnešních dnů dochovala pouze nepatrná část. Z této doby nejspíše pochází také „zázračná“ socha Piety, její původ klade do minoritského kostela tradice, to však není dostatečně prokázáno. Období rozkvětu v roce 1353 ukončil požár, který klášterní budovy vážně poškodil. Jelikož při něm bylo zničeno téměř celé město, trvalo přibližně tři desetiletí, než se z milodarů měšťanů získaly prostředky na rozsáhlejší opravy kostela. Kromě nutných rekonstrukčních prací byla nejspíše v této době nově postavena osmiboká věž zvonice nad křížením lodí kostela, obohacena byla také fresková výzdoba.
Roku 1402 přepadli město šlechtici z okolí, kteří do města pronikli právě přes hradby u budov kláštera. Tento útok se podařilo odrazit a tuto událost úspěšné obrany později znázornila nástěnná malba v kněžišti, v přemalbě z doby barokní dochovaná dodnes. Během husitských válek klášter nejspíše utrpěl další škody. Díky zlepšení jeho hospodářské situace byla roku 1472 upravena a nově zaklenuta kaple sv. Václava a v letech 1499–1508 se původně ploché zakončení kněžiště rozšířilo o jedno klenební pole s pětibokým závěrem. Z této doby pravděpodobně pochází také další vlna malířské a sochařské výzdoby, například nástěnná malba Žehnajícího Krista. Roku 1513 se k příčné lodi přičlenila mariánská kaple.
Od třetiny 16. století získávali ve městě většinu protestanté, a tak pro klášter nastaly těžké časy. Finanční tíseň se mimo jiné minorité snažili řešit odprodejem pozemků uliční části u kostela. Ty tak byly zastavěny měšťanskými domy. Ani to však nepomohlo a roku 1574 musel být klášter řeholníky opuštěn. Po bělohorských událostech ho však komunita minoritů znovu osadila a po třicetileté válce začalo další období rozkvětu. Začátkem 18. století prošel klášter rozsáhlými přestavbami, nemalé renovace se dotkly i kostela. Kromě nového vnitřního vybavení se to mimo jiné týkalo přetvarování oken a zcela nového pojetí uliční fasády. Další tíživé období přišlo s josefínskými reformami, které jihlavští minorité přečkali tím, že při jejich kostele byla zřízena druhá městská farnost. V letech 1948–1989 budovy kláštera zčásti sloužily účelům školy. V současnosti v celém areálu opět působí řád minoritů.
DN