Die Anfänge der St.-Jakobus-Pfarrkirche sind mit der Zeit verbunden, in der die organisierte Aufteilung der Stadt Gestalt anzunehmen begann. Nach der regen Besiedlung des Ortes nach der Entdeckung von Silbererz Ende der 30er Jahre des 13. Jahrhunderts könnte dies bald nach 1240 geschehen sein. Die Absicht, eine Pfarrkirche zu bauen, war sicherlich Teil des ursprünglichen Plans. Der Standort wurde auf einer Landzunge in der Nähe der Mauern gewählt, gut geschützt durch den Hang zu dem kleinen Fluss Jihlávka. Der Standort lag dabei günstig in der Nähe des Stadtzentrums. Die Prämonstratenser aus dem nahe gelegenen Kloster in der Gemeinde Želiv, die bereits früher einige Grundstücke in der Gegend besaßen, sicherten sich das Patronatsrecht auch über die neu erbaute Pfarrkirche. Gerade ihnen werden auch die hiesigen ersten Bautätigkeiten zugeschrieben. Damals wurde der grundlegende Bauplan des künftigen Doms als dreischiffig mit einem längeren Chor festgelegt. Es wurden die Einfassungsmauern der Kirche gebaut, anschließend der gesamte Chor und die Sakristei und schließlich das Haupteingangsportal an der westlichen Front. Stilistisch handelt es sich um ein konservatives, praktisch romanisches Bauwerk.
Dieser Ansatz änderte sich jedoch zu Beginn der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts deutlich. Es ist möglich, dass dieser markante Wandel mit der Aktivität des allmählich aufkommenden Bürgertums in Iglau zusammenhängt. Für den Bau der Pfarrkirche konnte es Arbeitskräfte des modern ausgerichteten Bauhüttenwerks gewinnen, das im Zusammenhang mit dem Bau der Dominikanerkirche nach Iglau bestellt wurde. Einen radikalen Umbau erfuhr der Chor, dessen neues Raumkonzept sich nun dem Stil der klassischen Gotik annäherte. In diesem Zusammenhang veränderte sich auch die Absicht des Baus des dreischiffigen Bereichs, der den Plan eines mehr vereinigten Innenraums des Hallentyp erhielt. Im Jahr 1257 wurde die Kirche durch den Bischof von Olmütz und den königlichen Berater Bruno von Schauenburg eingeweiht. Mit diesem Akt wurden die Pfarrrechte von der Johannes-der-Täufer-Kirche hierher übertragen. Obwohl auch das Kirchenschiff zu diesem Zeitpunkt eingeweiht wurde, waren die Bauarbeiten noch lange nicht abgeschlossen.
Die folgenden hundert Jahre waren für Iglau eine Zeit großen Aufschwungs, den zunächst der Silberbergbau und später vor allem die Entwicklung von Handwerk und Handel mit sich brachte. Diese Prosperität spiegelte sich auch im Fortschritt der Bauarbeiten an der Kirche wider, denn die Gestalt der Pfarrkirche hatte für die wohlhabenden Bürger von Iglau einen deutlich repräsentativen Charakter. Im letzten Viertel des 14. Jahrhunderts erfuhr das Innere des Dreischiffs Änderungen, es wurden achteckige Pfeiler errichtet und das Dreischiff erhielt möglicherweise schon damals ein Kreuzgewölbe. Der Innenraum des Dreischiffs ist dank des Umbaus der Fenster mit spätgotischem Flamboyant-Maßwerk außerdem wesentlich heller geworden. Die zunehmende Initiative der Stadt im Zusammenhang mit dem Bau der Kirche führte zu Streitigkeiten mit den Prämonstratensern aus Želiv, die sogar vom Papst behandelt wurden. Im Jahr 1400 erlaubte er dem Stadtrat den Ausbau von Altären mit eigenem Patronatsrecht. Damals wurde wahrscheinlich für die Dekoration der neuen Kapelle auch die berühmte Statue der hl. Katharina in der Ausführung eines schönen Stils angeschafft. Die Bestellung der Stadt überwog somit definitiv und spielte eine entscheidende Rolle bei der Fertigstellung des Inneren der Kirche und deren Betonung der erhabenen Form. Vom hiesigen hohen kulturellen Niveau zeugen unter anderem auch weitere erhaltene bildhauerische Werke und eine illuminierte Handschrift. Für die Bedürfnisse der Stadt und ihrer Zünfte wurden im 15. und 16. Jahrhundert weitere Kapellen hinzugebaut.
Das 15. Jahrhundert war für Iglau sehr unruhig. Noch im Jahr 1436 wurde anlässlich der Verhandlungen über Kompaktaten in der Kirche eine Messe in Anwesenheit des Kaisers abgehalten. In der Folgezeit wurde die Kirche, wahrscheinlich infolge der Belagerung und vielleicht auch des Erdbebens, jedoch erheblich beschädigt. In den 80er Jahren des 15. Jahrhunderts musste sie deshalb umfassend renoviert werden. In diese Zeit fällt auch die Entstehung der Statuengruppe des Ölbergs, die ursprünglich für die Friedhofskapelle bestimmt war. Ein Brand im Jahr 1523 zerstörte die Kirche erneut und ihr Wiederaufbau dauerte mehrere Jahrzehnte. Ein Teil des Gewölbes und das Dach der Kirche mussten wieder aufgebaut werden. Die Türme in der Vorderfront wurden vor Mitte des 16. Jahrhunderts um ein Stockwerk erhöht. Allerdings musste der südliche Turm wegen statischer Probleme bald wieder gesenkt werden. Aufgrund der instabilen gesellschaftlichen Situation brachte das 17. Jahrhundert keine größeren Bauaktivitäten mit sich, so dass die Kirche erst zu Beginn des 18. Jahrhunderts eine größere Veränderung erfuhr, als im nördlichen Kirchenschiff eine sehr ausdrucksvolle Barockkapelle der Schmerzensmutter auf achtseitigem Grundriss angebaut wurde. Barocke Ausbauten aus dieser Zeit veränderten auch die westliche Vorderfront.
An der Wende vom 19. zum 20. Jahrhundert erfolgte eine umfassende Rekonstruktion der Innenräume und teilweise auch des Außenbereichs der Kirche. Im Sinne der „Regotisierung“ war diese Erneuerung darum bemüht, alle barocken Anpassungen zu entfernen, womit sie das heutige Aussehen der Kirche bestimmte. Unter anderem wurde der Innenraum der Kirche neu verputzt und gestrichen. Obwohl ein Teil dieser Gemälde bei der Rekonstruktion in den 80er Jahren des 20. Jahrhunderts wieder entfernt wurde, blieben die übrigen Veränderungen erhalten. Von den neuzeitlichen Reparaturen der Kirche ist zumindest die vollständige Rekonstruktion der Dachstühle und des Dachs in den Jahren 2017–2019 zu erwähnen.
DN