Důležitou komunikaci na našem území představovala cesta Haberská, spojující Prahu s Vídní. Procházela Českomoravskou vysočinou přes brod na řece Jihlavě, kde na návrší při jejím levém břehu stála počátkem 13. století slovanská osada Jihlava s kostelíkem sv. Jana Křtitele. Díky nálezu stříbrných ložisek v okolí nastala německá kolonizace tohoto území a před polovinou 13. století výstavba královského horního města Jihlavy v prostoru nad pravým břehem stejnojmenné řeky. Nelze pochybovat o tom, že město neušlo pozornosti židovských kupců a obchodníků, kteří se tady nejen zastavovali, ale také usazovali a čile obchodovali. Král Přemysl Otakar II. to Židům umožnil zákoníkem Statuta Judeorum z roku 1262 a moravský markrabě Karel listinou z roku 1345, která nařídila Jihlavským přijmout do města všechny Židy, především brněnské. Usadili se v ulici platea Judeorum, Židovské ulici, kde si vybudovali synagogu, školu, lázeň a svoje domy. Tragickým momentem byl veliký požár města v květnu 1353, kdy plameny zničily všechny městské písemnosti včetně městských knih a zápisy o zdejší židovské obci včetně jejích obyvatel, kterých tady žilo a podnikalo kolem jednoho sta. Konec zdejší židovské komunity přivodil moravský markrabě Albrecht, který počátkem roku 1425 nechal vyhnat všechny Židy z města za údajnou spolupráci s kacířskými husity. Židé se uchýlili do blízkých vesnic a poddanských městeček. Najdeme je v Puklicích, Trhové Brtnici, Stříteži, Větrném Jeníkově, Úsobí, Třešti, Batelově či v Telči.
Domy v Židovské ulici získali katolíci a synagoga se měla stát kaplí Božího těla, všech svatých a 10 000 mučedníků, což v roce 1427 listem potvrdil papež Martin V. Kaple se však dočkala přestavby a vysvěcení až roku 1511 díky jihlavskému měšťanovi Merbotovi, který při kapli ještě zřídil špitál. Později kapli znesvětili protestanté, užívala se jako pokladnice. Během 19. století se stala stájí pro koně z nedalekého zájezdního hostince, který už ve 14. století sloužil židovským cestujícím. Roku 1870 byla nárožní část bývalé synagogy zbořena a na uvolněném místě dal židovský velkopodnikatel a horní rada Franz Müller postavit luxusní patrovou restauraci s bytem. Zbývající část bývalé synagogy sloužila jako obytný dům. V 60. letech 20. století prošly stavby na tomto místě demolicí včetně větší části Židovské ulice.
Židé žijící v okolí Jihlavy čile podnikali nejen v místě svých bydlišť. Od 16. století podomní obchodníci z Třeště, Batelova a Úsobí navštěvovali zdejší městské pozemky. Po švédské okupaci Jihlavy dokonce židovští obchodníci běhali veřejně po městě, na což si městská rada roku 1648 stěžovala. V letech 1708–1782 museli Židé při návštěvě Jihlavy platit mýtné, které obnášelo 15 a později 17 krejcarů. Zakázal se jim podomní prodej kromě prodejů na ročních trzích. Do města museli vstupovat jednotlivě, a to výhradně bránou Matky Boží, kde se od nich vybíralo mýto. Nesměli se tady dlouhodobě zdržovat a nocovat museli před městem. K tomu jim sloužil hostinec Taubenkobelswirthshaus, Holubník, postavený jihlavskými sladovníky roku 1775. Po 14 letech ho odkoupil Johann Smutny. Rozhodl se nejen navýšit přízemní dům o patro, ale také v přízemku zřídit zvláštní místnost, „das Judenzimmer“, s třemi okny do dvora a zvláštním vstupem na konci průjezdu. Během všedních dnů sloužila místnost jako židovská jídelna, židovská kuchyně byla ve vedlejší místnosti a měla zvláštní vchod ze zahrady. Prostor s rozměry 8 x 4 metry užívali Židé o sobotách a židovských svátcích jako modlitebnu. Další velký lokál Holubníku, s druhou kuchyní, byl od těchto prostor pro Židy oddělený. Plány domu kreslil a stavbu realizoval městský stavitel Johann Michael Thoma. Spolu se sousedním domem prošel dům v roce 1868 demolicí a nahradil ho hotel Czap, později Morawetz, Jihlavský dvůr, Deutsches Haus a nakonec Dělnický dům.
V roce 1780 obdržel židovský obchodník Nathan Pinkas zvláštní povolení k trvalému pobytu ve městě, kde zřídil hlavní sklad tabáku. Podobné povolení obdrželi roku 1795 Isaak Kern a Jakob Lichtenstern, výrobci knotů. Významný židovský obchodník Johann Bondy založil v Jihlavě roku 1808 židovskou chudinskou nadaci. Měli ji užívat chudí lidé z Třebíče, Velkého Meziříčí a Brtnice, jednu šestinu výnosu obdrželi chudí v Jihlavě, kde Bondy 9. 1. 1809 zemřel. Pominout nemůžeme ani jihlavské latinské gymnázium, které navštěvovali také židovští studenti. V roce 1837 žilo v Jihlavě celkem 15 843 obyvatel a jenom 17 Židů.
V roce 1848 Židé získali svobodu pohybu a pobytu a roku 1867 také státní občanství, což znamenalo stejná práva, jako měli ostatní obyvatelé v Čechách a na Moravě. Roku 1861 vznikl v Jihlavě Židovský náboženský spolek, Cultusverein, a jeho předsedou se stal Moritz Leopold Baruch, rodák z Třeště. Rok nato spolek povýšil na Židovskou náboženskou obec, Cultusgemeinde. Roku 1863 proběhlo slavnostní otevření zdejší nové synagogy. Roku 1864 jihlavský adresář uvedl naposled jeden zdejší hostinec s veřejnou židovskou kuchyní. Ke členům výboru Židovské obce patřil hostinský Bernard Mahler, otec hudebního génia Gustava Mahlera. Jejím prvním rabínem se pak v letech 1860–1912 stal PhDr. Joachim Jakob Unger.
V roce 1870 se ustavilo pohřební bratrstvo Chevra kadiša. Významným spolkem se stal synagogální pěvecký sbor Šir Zion. Agilně pracoval Spolek pro ošacení chudých žáků Chanuka. K dalším takovým sdružením se řadil Židovský dámský spolek – Israelitischer Frauenverein – založený roku 1866, který měl 175 členek. Od roku 1906 fungoval Židovský spolek Theodora Herzla, Jüdischer Volksverein Theodor Herzl, s prvním předsedou Richardem Weissensteinem; už od počátku měl 102 členů. V roce 1909 vzniklo Židovské akademické prázdninové sdružení Hasmonea, Jüdisch-akademische Ferialverbindung Hasmonäa, s 23 členy a předsedou studentem Walterem Pollakem. Dalším mládežnickým spolkem byl sportovní klub Makabi, Iglauer jüdische Turn- und Sport- Verein, založený roku 1910, jemuž náleželo tenisové hřiště na dnešním Štefánikově náměstí a současně měl oddíl kopané a atletiky. V květnu 1919 vznikl Spolek českých Židů pro Českomoravskou vysočinu, do jehož čela se postavil JUDr. Alois Feigl, advokát se sídlem v Jihlavě. Z Jihlavy sem náleželo 95 členů a dalších více než 200 z celé Vysočiny. 1. 11. 1919 tento spolek svolal do Prahy první Celorepublikový českožidovský sjezd. Přímo v Jihlavě se podařilo posílat židovské děti do českých škol včetně gymnázia a záslužná a bohatá byla také přednášková činnost spolku. V roce 1921 začal působit v Jihlavě Spolek židovských skautů Techeleth Lavau, který založil MUDr. Sigmund Werner, zubní a praktický lékař.
V souvislosti s novým uspořádáním Židovské náboženské obce na Moravě v roce 1895 se jihlavská obec rozrostla na celý jihlavský soudní okres, tedy na 31 obcí včetně Jihlavy. K roku 1900 se v ní v Jihlavě registrovalo 1 468 Židů, v Dřevěných Mlýnech 27, v Handlových Dvorech 9, v Hosově 9, v Hruškových Dvorech 6, v Jamném 5, v Kostelci u Jihlavy 3, v Kozlově 5, v Puklicích 16, ve Velkém Beranově 29 a ve Vysokých Studnicích 4.
Během první světové války zahynulo 33 jihlavských Židů, jejichž jména uváděla pamětní deska na zdejším židovském hřbitově. V roce 1921 prošla opravou synagoga a pro potřeby zdejší Židovské náboženské obce se upravil nadační dům v dnešní Benešově ulici 30, který obci odkázali židovští manželé Jan a Marie Lewitovi z Větrného Jeníkova, nájemci tamního lihovaru a pivovaru. První patro domu obsahovalo dvě klubovny, zasedací síň, kde zkoušel synagogální sbor, a zimní modlitebnu, ve druhém patře byl byt rabína.
Po roce 1931 se naposled měnila rada Židovské náboženské obce. Předsedou se stal továrník Richard Weissenstein, zástupcem obchodník JUDr. Otto Seidner, přísedícími speditér Karl Bondi, advokát JUDr. Alois Feigl, komerční rada a ředitel firmy Humanic Karel Kačer, obchodník Berthold Ornstein, pokladníkem JUc. Karel Meisel. Po vyhlášení protektorátu v březnu 1939 byl Meisel jmenován zástupcem Židů v celém Oberlandratu Iglau a za tímto účelem měl jako jediný přístup na gestapo v Jihlavě, kde jedno z oddělení dohlíželo na „konečné řešení židovské otázky”, „Endlösung der Judenfrage,” včetně transportu všech Židů z Jihlavska do věznic a koncentračních táborů. Novým sídlem Židovské náboženské obce i JUc. Meisela se stalo přízemí obytného domu v dnešní Palackého ulici 30, kam Židé docházeli pro informace a odevzdávali tu různé cennosti včetně řidičských průkazů a klíčů od automobilů.
Od roku 1939 se z Jihlavy do Prahy odsunulo 538 židovských obyvatel. Jejich byty prošly inventarizací, ocenil je znalec, vybavení se převezlo do skladišť ve Studentském mlýně na Heulose a do objektu židovské Langovy továrny v Starých Horách u Jihlavy. Ve skladech židovské přepravní firmy Bondi se ocitly vzácné perské koberce a luxusní nábytek. Pro židovské obyvatele v Jihlavě fungovaly pouze dva židovské obchody, řeznictví v dnešní Palackého ulici 3 a pekařství v Mrštíkově 30. K dalším represivním opatřením patřilo vyloučení 9 židovských lékařů z nemocnice a z ordinací v Jihlavě a vyloučení 13 advokátů a notářů z celého Oberlandratu Iglau. Většina se stala dělníky či nádeníky při úklidu ve městě. Ze škol museli odejít všichni židovští učitelé a profesoři, z lékáren všichni židovští zaměstnanci, uzavřely se všechny židovské obchody a živnosti a na jejich další provoz německá správa dosazovala árijce, především Němce. Podobný osud postihl všechny židovské továrny. Jejich část se tehdy zaměřila na válečnou výrobu, což platí o obuvnické firmě Humanic, která produkovala součástky pro rakety V-1 a V-2, o firmě Adam-Seidner s pleteným zbožím, jež se přeorientovala na obaly pro výbušniny, nebo o tkalcovně Lang, v níž se opravovaly letecké motory. Židovští obyvatelé Jihlavy museli odejít ze všech úřadů a nesměli používat městskou dopravu, koupaliště, lázně, parky, sportoviště, knihovny, kina a divadla. Pěší nesměli chodit po chodníku, ale pod chodníkem, a na levé straně na oděvu museli mít přišitou Davidovu hvězdu na žlutém podkladě s nápisem JUDE.
Roku 1869 žilo v Jihlavě 1 090 židovských obyvatel, roku 1880 celkem 1 415 obyvatel a roku 1890 celkem 1 897 obyvatel. K roku 1900 se k Židovské náboženské obci Jihlava hlásilo 1 468 souvěrců. Sčítání lidu k roku 1921 evidovalo v Jihlavě 1 126 židovských obyvatel, z toho 196 osob uvedlo národnost českou, 441 německou, 486 židovskou a 3 osoby slovenskou. V roce 1930 v Jihlavě žilo 1 025 Židů. Dne 17. 8. 1940 hlásil krajský rada Fiechtner říšskému protektorovi, že v Jihlavě žije 12 477 Němců, 17 727 Čechů a 435 Židů. Ke dni 30. 9. 1941 zbylo v Jihlavě dle registratury už jenom 20 židovských obyvatel. Z Třebíče, v níž se museli soustředit všichni Židé z celého Jihlavska, odjely do Terezína dva transporty. 18. 5. 1942 odjel transport Av, z kterého 678 osob zahynulo v různých koncentračních táborech a jenom 42 se dočkalo osvobození. 22. 5. 1942 následoval transport Aw, z nějž zahynulo 632 osob a jen 18 přežilo. Více než 150 osob gestapo zavleklo přímo do věznic a koncentračních táborů. Nejvíce přeživších pocházelo ze smíšených manželství. Židé z nich museli v závěru roku 1944 odjet do pražského Hagiboru a počátkem roku 1945 do Terezína. Jejich nežidovští partneři se dočkali internace v lágrech pro míšence a pracovali v továrnách a na polích.
Po válce proběhly marné pokusy o znovuobnovení činnosti zdejší Židovské náboženské obce i některých dalších židovských sdružení. Potřebný počet souvěrců se však do Jihlavy nevrátil. Na základě rozhodnutí ministerstva školství a osvěty z 30. 9. 1946 se jihlavská obec stala jediným reprezentantem zaniklých židovských obcí v Dačicích, Jemnici, Slavonicích, Telči, Třešti, Třebíči a Velkém Meziříčí. 6. 11. 1948 obdržel Okresní národní výbor v Jihlavě oznámení, že vznikl společný rabinát pro Kolín, Poděbrady, Hradec Králové, Pardubice a Jihlavu se sídlem v Kolíně a s rabínem dr. Federem. Tou dobou žilo v Jihlavě jen několik desítek osob židovského vyznání, z nichž část po roce 1948 vycestovala či emigrovala do světa, především do Izraele. Ještě v roce 1951 Krajský národní výbor a krajské velitelství StB sledovaly ukončení činnosti židovských spolků v Havlíčkově Brodě, Polné, Humpolci, Pelhřimově, Třešti, Velkém Meziříčí, Moravských Budějovicích, Žďáru nad Sázavou, Třebíči, Nové Cerekvi a v Ledči nad Sázavou.
LV