Překvapit může fakt, že Jihlava měla silné zastoupení protestanských věřících. Nešlo však o husity, ale o luterány, zastánce odkazu Martina Luthera, velké osobnosti reformace 16. století. Jako jiná královská města na Moravě zůstala Jihlava husitstvím téměř nedotčena, a to zejména kvůli převaze německého obyvatelstva a zároveň kvůli moravským vnitropolitickým poměrům. A tak se tehdy Jihlava stala jedním z center katolictví. Naopak okolní česká šlechta se často připojovala k husitství. Tento stav však vedl k izolaci od okolních zemí a k riziku pouhého kulturního přežívání. Jihlava proto navázala kontakty s německým světem, v kostelech zaznívala katolická kázání. Obrat však nastal s příchodem luterského kazatele Pavla Sperata v roce 1522. Přišel do Jihlavy z Vídně, odkud ho vypudili, a stal se jedním z prvních luterských kazatelů v českých zemích.
Habsburkové na českém trůně se snažili šíření protestantismu bránit. Díky politice stavů se však Morava stala v 16. století zemí velké náboženské svobody. Roku 1562 tak přestoupil k luterské víře poslední jihlavský měšťan. S ohledem na situaci povolil císař Ferdinand I. vydržovat ve městě luterské kazatele, pro které nechala městská rada postavit poblíž farního kostela dva domy. Největší rozkvět luterství nastal za císaře Maxmiliána II., který nastoupil v roce 1564. Vzdor tomu však luteráni neobsadili ve městě všechny pozice. Zklidnění vztahů mezi nimi a katolíky přinesla dohoda z 11. února 1574. Až do Bílé hory však bylo soužití obou náboženství ve městě napjaté. Město například chtělo získat majetek místních dominikánů a stavělo se i proti jiným katolickým klášterním řádům.
Po Bílé hoře nastala v českých zemích rekatolizace. Projevilo se to zákazem nekatolických křtů a svateb. 30. října 1623 muselo v Jihlavě ukončit činnost protestantské latinské gymnázium. Definitivní zákaz protestantismu přineslo Obnovené zřízení zemské, vydané císařem pro Moravu v roce 1628. Během třicetileté války snad někteří nekatoličtí měšťané doufali v návrat své víry, těchto iluzí je však zbavil útlak švédských dobyvatelů v letech 1645–1647. Luterská víra se tak po polovině 17. století udržovala pouze skrytě v několika rodinách.
Obrat nastal až za osvícenství. Nejprve císař Josef II. vydal v roce 1781 toleranční patent, který umožnil existenci luterskému a kalvínskému vyznání. Kostely si však tehdy mohli protestanté stavět pouze skromné, na místě mimo střed obce a bez věží. Po císařském patentu z roku 1861 se i toto změnilo a architektura protestantských kostelů se zrovnoprávnila s kostely katolickými.
Luterská obec existovala v Jihlavě oficiálně od roku 1861. Brzy se pustila do sbírky prostředků pro výstavbu své modlitebny. Tak jako na jiných místech v Čechách a na Moravě, i jihlavská obec pro to obdržela klíčový příspěvek z Německa, od spolku Gustav-Adolph-Verein. Povolení ke stavbě získal jihlavský sbor v roce 1875, vyšla pak na 26 tisíc tehdejších zlatých. Ze stejného roku pocházejí i plány od architekta Aloise Netsche. Ten kostel navrhl ve stylu romantického historismu, který byl typický pro pruské prostředí a ve kterém se mísily románské, renesanční a gotické prvky. Neogotickou formou se vyznačuje především hlavní loď. Základní kámen položili jihlavští protestanti 5. srpna 1875, kostel vysvětili 18. října 1878.
Své jméno kostel dostal od apoštola Pavla a podle uvedeného luterského kazatele Pavla Sperata. Říkalo se mu proto „Speratuskirche“. Opravou prošel v roce 1894, v roce 1903 dostal plynové osvětlení. Svoji dnešní podobu získal roku 1913, kdy jeho věž zvýšil architekt Eduard Neubauer. Podle návrhu tohoto architekta se pořídilo i nové dřevěné schodiště. Kostel byl vybaven původně dvěma zvony. Jeden z nich zabavila v roce 1916 armáda, druhý funguje dodnes. Pochází z roku 1880 a nese na sobě portrét Fridricha Karla Pruského, který na jeho odlití daroval kov z děl ukořistěných během prusko-francouzské války.
Dalšími opravami kostel prošel v roce 1928. Na konci 50. let se upravila fasáda i interiér. Roku 1975 následovalo odvlhčení zdí. Nové fasády se kostel dočkal v roce 1995, o čtyři roky později i nových věžních hodin. V letech 2007 až 2011 se opět odvlhčoval, položila se žulová podlaha, upravil se interiér. V červenci 2024 začala oprava krovů a výměna střešní krytiny kostela.
Do konce druhé světové války patřil kostel německé luterské církvi v Jihlavě. Po roce 1920 ho však užívali protestanté němečtí i čeští. Pod správu Českobratrské církve evangelické, existující v Jihlavě od roku 1929, přešel během odsunu německého obyvatelstva v letech 1945–1946. Dnes v něm pravidelně probíhají nedělní bohoslužby, které vede farář Jan Keřkovský. Kromě tohoto kostela patří Českobratrské církvi evangelické v Jihlavě ještě nedaleká fara ve Vrchlického ulici a také kostel ve Střížově u Brtnice. Od roku 2006 má kostel statut kulturní památky.
FV
